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Rencontre

Gaël Darren Maganga :
« l’homme a amené la jungle en ville »

Par Astrid Krivian - Publié en mai 2020
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Virologue, enseignant-chercheur, vétérinaire de formation, le Docteur Gaël Darren Maganga travaille au Centre interdisciplinaire de recherches médicales de Franceville, au Gabon. Cet organisme de recherche de référence est équipé d’un laboratoire P4 hautement sécurisé, l’un des deux seuls en Afrique avec celui de Johannesbourg, permettant d’étudier les virus les plus dangereux. Le chercheur a consacré sa thèse aux virus à ARN potentiellement pathogènes pour l’homme chez les chauves-souris d’Afrique centrale. Selon lui, les activités humaines sont à l’origine de la pandémie. Il plaide pour une plus forte collaboration entre les secteurs médicaux, vétérinaires et environnementaux. 
 
AM : Vous attendiez-vous à une nouvelle pandémie, comme celle du Covid-19 ? 
Gaël Darren Maganga : Ce n’était pas une surprise, vu certaines pratiques humaines constatées depuis des années dans cette région d’Asie. Cela s’était déjà produit en 2003 avec le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère). En mêlant plusieurs espèces chez lesquelles circulent notamment les virus de la grippe, un marché d’animaux sauvages réunit les conditions idéales pour le brassage de virus et l’apparition de nouveaux agents pathogènes par des recombinaisons et réassortiments génétiques. 
 
Est-ce la chauve-souris qui est à l’origine du Covid-19 et de sa transmission à l’homme ? 
C’est l’hypothèse avancée. Pour les coronavirus responsables du SRAS et du MERS (syndrome respiratoire du MoyenOrient), apparu en 2012, les scientifiques ont démontré que les chauves-souris étaient probablement l’espèce-réservoir. Elles contaminent ensuite d’autres animaux, les hôtes intermédiaires, qui font le pont et transmettent le virus à l’homme. Pour le SRAS, la civette a été identifiée comme espèce-hôte, et pour le MERS, plusieurs sont incriminées, la plus probable étant le dromadaire. Entre 60 % et 75 % des maladies sont des zoonoses, c’est-à-dire transmissibles de l’animal à l’humain. Ce n’est donc pas étonnant que cette hypothèse soit émise pour le Covid-19. Mes travaux de recherches portent sur les virus ou agents pathogènes zoonotiques. Il est en effet essentiel d’observer les environnements naturels et de comprendre pourquoi le virus en sort pour se retrouver chez l’humain. C’est la chaîne de propagation, qui commence depuis la forêt pour finir dans les hôpitaux. Il faut agir sur chaque maillon pour la rompre. Si l’on maîtrise l’événement à la source, on peut prévenir la suite. 
On parle aussi du pangolin comme hôte intermédiaire. 
Il n’y a pas de certitudes. Des preuves scientifiques montrent que les génomes retrouvés chez le pangolin sont identiques à celui du SARS-CoV-2 [responsable de la pandémie de Covid-19, ndlr] à 92 % pour certains chercheurs, voire 99 % pour d’autres. Mais le doute persiste. D’autres espèces sont aujourd’hui suspectées d’être susceptibles au virus : le furet, le porc, les bovins, le chat, le chien. 
 
Depuis 2003, le commerce d’animaux sauvages était pourtant officiellement interdit en Chine. Le professeur Didier Sicard propose la création d’un tribunal sanitaire international, indépendant des pays, qui veillerait à l’application des réglementations. Y êtes-vous favorable ? 
Dans l’absolu, oui. Les textes de lois existent déjà dans la plupart des pays. Ce qui pose problème, c’est leur application.
 
Les activités humaines dévastatrices favorisent-elles l’émergence de virus ? 
Effectivement. Bien que certaines espèces soient pointées du doigt dans la propagation des maladies, comme les rongeurs ou les chauves-souris, il faut éviter d’incriminer systématiquement ces animaux. Car c’est à travers ses activités que l’humain va à leur rencontre et empiète sur leur territoire. La déforestation, l’exploitation minière, la modification des espaces pour l’agriculture nous rapprochent de leurs milieux naturels. Et surtout, ces populations animales s’installent dans les zones urbaines. L’homme a déplacé la jungle pour l’amener en ville. On en constate les conséquences ! Cela conduit à des risques de contact et d’exposition avec des animaux éventuellement porteurs de virus ou de germes pathogènes. À cause de la déforestation en Asie du Sud-Est, certaines maladies comme les encéphalites à virus Nipah ont considérablement augmenté. Au Brésil, déforester au profit de grands espaces d’élevage perturbe et détruit l’habitat de certaines chauves-souris, naturellement infectées par le virus de la rage. Elles vont ensuite le transmettre aux bovins en les mordant. Dans certaines régions d’Afrique et d’Asie, la chasse et la consommation de chauves-souris augmentent ce risque d’émergence, par la manipulation de leurs fluides biologiques (urine, matières fécales, salive). Le SARS-CoV-2 ne sera donc certainement pas le dernier virus. Tant que nous ne changerons pas nos habitudes, notre rapport à l’environnement, et en l’absence d’une plus grande cohésion entre les peuples et les pays, nous ne serons pas à l’abri d’une nouvelle crise sanitaire. 
 
Ces bouleversements de leur environnement et le stress que cela provoque rendent-ils ces espèces plus aptes à nous contaminer ? 
Oui. La modification et la fragmentation de leurs habitats soumettent les animaux sauvages à un certain stress. Comme de nombreuses espèces, plus les chauves-souris sont stressées, plus elles seront excrétrices. Elles ont la particularité de pouvoir contenir la réplication virale à un seuil qui n’est pas nuisible pour elles, et où le virus va être difficilement excrété dans leurs fluides. Mais dès qu’elles sont perturbées, leur système immunitaire est déprimé et s’affaiblit : le virus ou l’agent pathogène prend alors le dessus, et il est plus facilement excrété. Donc elles deviennent potentiellement plus contagieuses. 
 
Pourquoi trouve-t-on un si grand nombre de virus chez les chauves-souris ? 
C’est l’une des espèces les plus étudiées depuis une vingtaine d’années, avec la découverte de nouveaux virus, la réémergence d’Ebola, etc. Tout comme les rongeurs, qui sont des réservoirs de virus et autres germes. Les chercheurs essaient de comprendre pourquoi il y a une telle diversité d’agents pathogènes chez les chauves-souris. Leur système immunitaire est particulier : il leur permet d’héberger des agents sans en mourir, de répliquer des germes sans que ces derniers ne leur causent de préjudice. Ce sont de véritables éponges, elles sont très rarement victimes de ces agents. Elles logent dans des grottes, des milieux confinés où l’air n’est pas renouvelé et dans lesquels elles se regroupent par milliers… ce qui est idéal pour la transmission de certains agents pathogènes ! Et comme la plupart des espèces migrent sur de longues distances, au cours de leur trajet, elles rencontrent certainement d’autres espèces, des virus se transmettent. Enfin, elles ont un comportement souvent agressif entre elles, elles se griffent, se mordent. Tous ces éléments constituent des facteurs qui peuvent favoriser leur infection et l’importante diversité d’agents pathogènes qu’elles hébergent. 
 
Qu’est-ce qui vous surprend dans le comportement de ce nouveau coronavirus ? 
Il nous interroge car des personnes restent infectées jusqu’à trois semaines, voire un mois. On le dit proche du SRAS, dont l’épidémie a engendré environ 800 morts. Les traitements actuellement avancés pour le Covid-19 fonctionnent sur un petit groupe d’individus, mais pas de la même manière à une échelle plus importante. La symptomatologie est diverse, et la propagation même du virus est différente selon les continents. En Afrique, une circulation à bas bruit semble apparaître, et l’on observe plus de cas asymptomatiques. Tout cela provoque une incompréhension. Espérons que l’on en saura plus dans les prochaines semaines. 
 
Pensez-vous comme le professeur Didier Raoult que les populations d’Afrique subsaharienne sont relativement protégées grâce à la consommation d’antipaludiques ? 
De nombreuses théories sont possibles. L’environnement climatique joue certainement son rôle. Il y a aussi l’hypothèse de l’immunité de la population : dans certaines régions, on consomme beaucoup de viande de brousse. Et certaines espèces sont naturellement porteuses de virus. Mes recherches montrent une circulation ou un portage de coronavirus très diversifié chez ces animaux, au Gabon, en particulier, et au Congo-Brazzaville. En les manipulant, en les consommant, on contracte peut-être certains pathogènes, et l’on développe alors peut-être des anticorps qui nous protègent relativement. 
 
En quoi consiste votre travail de recherche sur le terrain ? 
Avec mon équipe, nous travaillons sur le réservoir du virus Ebola et ceux d’autres agents infectieux. Une grande partie de notre activité de recherche porte donc sur les chauves-souris. Avec l’expérience des épidémies d’Ebola dans notre pays, nous allons faire des échantillonnages sur des espèces chez lesquelles le virus avait été mis en évidence, dans des zones anciennement touchées. C’est pourquoi, lorsque l’on entre dans les grottes, il faut absolument être protégés, puisque le niveau d’exposition au risque est important. Nous faisons régulièrement des captures, des prélèvements pour la surveillance microbiologique. Depuis la dernière épidémie d’Ebola au Gabon, entre 2001 et 2002, aucun cas n’a été rapporté sur notre territoire. Il n’empêche qu’il faut surveiller ces espèces potentielles pour prévenir toute résurgence. Le travail sur le terrain est primordial. Car ces virus ne sont pas statiques. Il suffit qu’il y en ait dans une zone et que les espèces-hôtes s’y rencontrent pour que des brassages se fassent, que de nouveaux virus recombinants apparaissent. C’est très important de se positionner sur la source animale. Saisir l’origine est un bon préalable pour mettre en place les mesures de prévention. 
 
En avril dernier, à quelques jours de déclarer la fin officielle de l’épidémie d’Ebola en République démocratique du Congo (RDC), de nouveaux cas ont été déclarés. Comment l’explique-t-on ? 
Ebola, c’est le grand mystère. Quand il n’y a pas d’épidémie, où se trouve le virus ? À quel moment réapparaît-il ? Sous quelles conditions ? À l’heure actuelle, son réservoir n’est pas identifié à 100 %. La chauve-souris est un candidat très plausible, étant donné la proximité génétique entre Ebola et Marburg – virus pour lequel cet animal a été prouvé comme réservoir. Pour Ebola, son matériel génétique a été mis en évidence chez la chauve-souris, mais lors de la mise en culture cellulaire, nous ne sommes jamais parvenus à le répliquer, et donc à prouver qu’il était bien vivant (et par conséquent, transmissible). Et depuis 2005, on ne détecte plus son matériel génétique chez les chauves-souris que l’on étudie. 
Les écosystèmes forestiers humides sont susceptibles de voir émerger un prochain virus. Ici, le fleuve Niari, en RDC. SHUTTERSTOCK
 
Qu’est-ce qu’un laboratoire P4 de très haute sécurité, dans lequel vous pénétrez vêtu de protections spécifiques de la tête aux pieds ? 
Au niveau national, notre laboratoire a une expérience prouvée depuis plus de vingt ans dans la gestion des crises sanitaires, ainsi que le diagnostic et la manipulation d’agents pathogènes extrêmement dangereux et très contagieux. Il faut donc contenir, confiner ces endroits. La classification P4 correspond au plus haut niveau de sécurité d’un laboratoire. L’équipement de base regroupe des combinaisons, un environnement sous pression négative et un système d’aération particulier. Dans la sousrégion d’Afrique centrale, c’est un laboratoire de référence, car c’est un centre collaborateur de l’Organisation mondiale de la santé pour les fièvres hémorragiques virales et les arboviroses [maladies tropicales dues aux arbovirus, transmis par piqûre de moustique ou de tique, ndlr]. Nous recevons des échantillons provenant de RDC, du Congo-Brazzaville, de Guinée équatoriale… 
 
Les vétérinaires et médecins doivent-ils davantage travailler de concert ? Et amplifier le mouvement One Health, visant une approche globale, inclusive, de la santé publique ?
 Complètement. On dit que si le médecin soigne l’homme, le vétérinaire soigne l’humanité, puisque l’on soigne des animaux qui vont éviter de contaminer des humains. Ma double formation me permet de travailler sur des pathogènes d’intérêt pour l’animal, mais aussi pour l’homme. Ces thématiques ayant un impact sur la santé publique m’intéressent beaucoup. Au cours de ma formation, j’ai aussi étudié l’épidémiologie et l’écologie. Toutes ces sciences sont liées, elles sont complémentaires pour comprendre l’apparition d’un virus. Avec les spécialistes de l’environnement, les vétérinaires devraient être associés aux comités de pilotage, aux débats scientifiques en cours, dans la mesure où la plupart de ces maladies sont d’origine animale. 
 
Quelles régions du monde sont susceptibles de voir émerger un prochain virus ? 
Difficile d’indexer un pays plutôt qu’un autre. Des études sur la distribution des maladies au niveau du globe ont identifié la zone tropicale humide et les écosystèmes forestiers humides comme des points d’émergence de maladies ou d’agents infectieux. Donc on peut en déduire que la forêt du bassin du Congo en Afrique centrale, la forêt amazonienne, mais également la zone forestière humide en Asie du Sud-Est constituent des endroits où l’activité humaine intensive pourrait catalyser l’émergence et la propagation de nouveaux agents infectieux. ■

 

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